A Pécsi Borvidéken régre nyúlik vissza a bortermelés, és szőlőkultúra. Felfedezhetőek a kelta technológia nyomai, és az egykori szőlőkultúrában a római jelenlétre is számos jel utal. Egy Pécsett feltárt, 4. században épült sírkamra egyik falnyílásában korsót és poharat, valamint szőlőindákkal díszített régészeti emlékeket találtak a régészek. Egy 9. századi okirat tanúskodik már a pécsi szőlőültetvényekről, de a pécsváradi bencés apátságot megalapító Szent István 1015-ben már 110 szőlőművest is adományozott a szerzeteseknek. A török hadak elől menekülő népek, később pedig maguk a törökök is hoztak magukkal új szőlőfajtákat, így jelent meg a borvidéken a kadarka, vagy a gohér.

A Pécsi Borvidék a török uralom alatt viszonylag nyugodt fejlődésnek indulhatott. Annak ellenére, hogy a mohamedánoknak vallásuk tiltotta a borok élvezetét, a jelentős kereskedelmi haszonról és gazdasági előnyökről nem kellett lemondaniuk. Számtalan tehetős török tartott fenn pincészetet, és ez sok magyar bortermelőnek jelentett megélhetést a borkészítés.

Pécs szabad királyi várossá emelése után új lendületet kapott a fejlődés. A 19. század közepére technológiai forradalom zajlott le a szőlőművelésben, a baranyai bor egyre szélesebb körben vált ismerté. A kereskedelem fellendülésével, a szőlő és bor hasznából sok híres pécsi ipar épült fel.

A virágkornak a fioxéria-vész, a gyökértetű megjelenése vet véget - az újvilágból érkező szőlőbetegség elképzelhetetlen mértékben, néhol a szőlő 80 %-át kipusztította. A talpra állás fájdalmasan és lassan történt, lényegében minden ültetvényt a fioxériára rezisztens, újvilági szőlőoltványokra kell felcserélni.

A huszadik században azonban új erőre kapa szőlőtermesztés, de a folyamatos fejlődésnek a második világháborút követő államosítások vetnek véget. S az ember kártékonyabbnak bizonyult még a szőlőbetegségeknél is, a fejlődés lelkeit képező nagybirtokokat feldarabolták, államosították, a szőlőültetvények nagy részét kivágták. Módszeresen nyomták el a minőségi szempontok mellett a borkészítés hagyományait, a feldolgozókból szinte kivétel nélkül rossz, olykor hamisított borok kerültek ki.

A leépülést végül csak a rendszerváltás állította meg. A Pécsi Borvidék körzetei közül a pécsi területek súlyos károkat szenvedtek. Az egykori gazdag talajú területek ma építési telkek, a Mecsekoldalon szőlő helyett családi házak sorakoznak. Mindazonáltal az átalakulás jelenleg is zajlik, új pincészetek alakulnak, és egykori kicsik erősödnek meg. Erősödik a minőségben gondolkodás, a tömegtermelés helyett egyre inkább a kézműves termékek jelentik a fő profilt.